一者，显乘。从大悲师传七代付法藏师。以圆满萨乐哈依次传龙树、无著、世亲、恒河弥底，阿哇德巴钦波，在以下依次传卡且哇·炯尼西维佳、大圆满瑜伽之扎木吉萨扎那、大译师思·高伟多吉，再至大德智迈喜饶、拉多巴·达玛尊珠、多哇·宁依西炯尼，香久佳、雍那香久、觉东巴·曼朗楚臣、吉东巴、热贝饶哲，再传到更钦笃布巴·喜尧坚赞、多罗那他，直至目前传承不断。其间不但纯为一种传承，更存在着多种形式、多种方面对般若乘甚深胜义谛教理的探究深入过程。
二者，密乘。《时轮根本续》说：“非常清净殊胜法，从初解脱如来佛。一切贤良诸大德，文殊菩萨我成就。”依经谈，佛在般若乘中多次提到了了义如来藏的圆满论述等很多典藉。我们更是认为无上瑜伽部的无二时轮金刚秘密法是犹如天降花雨般的法缘。《时轮根本续》讲“佛于灵鹫山，宣讲般若法；佛于迦札迦，讲说秘密法。”于同化机，佛陀讲小乘法，于不同化机讲说般若法，于殊胜化机佛说秘密灌顶。觉囊派所修一切密法，以时轮六支瑜伽为主，这里，我们谈谈时轮法传承。
时轮教讲，佛陀在世间讲一切续后，委香巴拉月贤王掌管，其法使香巴拉国无数人、非人获得了所希望之成就。是时，其他地方则无时轮法传播。在世外桃园香巴拉，月贤将一切教法记以文字成卷，并注释《时轮根本续》广弘密法。从此，七法王、二十五具种王、十一转轮王传播密法。以上《时轮经》所授记的四十三代法王在位时都于密法的殊胜福田中广弘佛教，领悟了了义大中观密义，一切圆满。
历代时轮教法传承上师从大时轮足直至当代，喇嘛都夏巴钦波（大时轮足）传说他曾亲见文殊菩萨化身，按本尊授记赴北印度，途具种王变化之身，传其灌顶。度夏巴钦波修习甚深瑜伽行六个月，以神通往香巴拉国闻习《时轮经》等一切续部以及三菩萨释等教法，于佛法一部分心记一部分撰写成卷迎回印度。他一般以修定为主，曾用眼观法降伏外道，显示了多种神通，离世时化为虹身。
以后依次师承都夏巴穷哇（小时轮足）、绛曲桑波。迦湿弥罗班智达月护、卓弥译师喜饶札，喇嘛杰宫巴贡却松、周顿·南木敦、域摩·弥觉多吉（"他空见"理论由释迦如来秘传至域摩·弥觉多吉，并由他依本尊预言开始广为弘扬，在此以前，他空见地是一代代上师间秘密口传）、曲杰旺秋，南喀俄色、觉奔木、赛莫且哇·南喀将木村、江木色哇·喜饶俄色、却古俄色、更邦巴突杰尊追直至大觉囊巴更钦·笃布巴·喜饶坚赞。历代大德之间，密乘和了义大中观教法传承犹如流水般绵绵不断，并且于显教佛学上有了更深入的发殿和研究。这基本上是觉囊派传承的历史概况。
